存货余额部分应按存货的适用税率计算补交已抵扣的税款，因为存货在当初购进时其进项税金已作了抵扣。减少了当期应交税金，既然现存货已经退出了企业的经营活动，所以要对先期已抵扣的进项税进行调整。
企业依法注销同时取消增值税一般纳税人资格，说明企业将不再存续，此时清算应注意，企业对所有的资产包括存货是如何处理的，如果分配给股东或投资者，则应视同销售。
账面库存在注销时由清算组作处理：对外销售、分配给股东、抵债等，都需要确认销售确认增值税销项税额。增值税一般纳税人注销时，有库存商品，该部分库存商品已抵扣的进项税额，不做转出处理。
法律依据《公司法》。
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