公司在解散后应依法进行清算（除公司合并或分立外），当公司发生破产原因时，则应依法进行破产清算。公司清算与破产程序的衔接属立法上的边缘问题，但具有重要的现实意义，需要在理论上和实务中研究探讨。
一、公司清算与破产程序衔接的原因及条件
公司清算分为普通清算（即自行清算）和特别清算（又称强制清算）。公司清算与破产程序是不同的法律程序，分别适用于资产、债务情况不同的公司。公司解散后至清算完毕前，发现公司资产不足以清偿债务时，便发生清算与破产程序的衔接问题。这种程序的衔接具有以下特征：
1、两种程序的衔接具有法定性。这体现在公司法第一百八十八条和破产法第七条第三款的规定中，申请破产是清算组等清算义务人的法定义务。
2、程序的衔接具有应然性。解散后的公司应依法清算，以最终实现公司主体的消灭。清算中的公司发生破产原因时，为公正实现清算之目的，维护债权人的权益，必须与破产程序相衔接，这是法理上的要求，不因立法上的欠缺或实践操作上的困难而否定其应然性。
实现公司清算与破产程序的衔接需要满足一定的条件。我国破产法在破产程序启动上实行申请主义，须由申请人提出破产申请，法院方能受理破产案件。根据破产法的规定，对解散后进入清算程序而又发生破产原因的公司，破产申请主体主要是债权人和清算义务人，其中后者以清算组为主。但如果清算组怠于履行法定申请破产之义务，而债权人考虑个别清偿可能比破产清算受偿更多，均不提出破产申请，法院无法受理破产案件，公司清算与破产程序的衔接便会出现障碍。
二、公司清算与破产程序衔接障碍之解决
（一）清算义务人申请破产障碍的解决途径
在特别清算程序中，虽然特别清算有法院公权力介入，但是这种公权力所产生的强制性仅限于强制公司依法进行清算，而不能产生依职权使公司进入破产程序的法律效果，否则将违背破产申请主义之立法规定。公司法以及公司法司法解释二、破产法均未规定负有清算责任者如清算组不依法申请破产应如何处理，又应承担何种法律责任。所以，要实现公司清算与破产程序的衔接，首先必须解决清算组不依法申请破产的问题。
在程序的衔接方面，笔者认为，在特别清算中，可以考虑按照公司法司法解释二的规定，在人民法院指定清算组时将中介机构包括在内，并赋予该中介机构有代表清算组提出破产申请的权利。普通清算中的障碍只能通过债权人提出破产申请的方式解决。
在法律责任方面，笔者认为，对不依法申请破产的清算组，应当按照公司法司法解释二第二十三条的规定，认定“清算组成员从事清算事务时，违反法律”，未依法申请破产，给“债权人造成损失”，由其向债权人承担赔偿责任。
（二）债权人申请破产障碍的解决途径
清算中发生破产原因的公司，已经不能保证全体债权人完全受偿，故应限制个别清偿，并通过破产程序实现对全体债权人的公平清偿。
限制个别清偿的方法，主要是限制通过达成诉讼调解并自愿履行或者强制执行生效法律文书。在涉及被清算公司的诉讼或执行中，人民法院应告知清算组其有义务向人民法院提出破产申请，同时可以受理案件信息公告等方式，使其他债权人得知此情况，以便其提出破产申请。对于清算组仍不履行申请破产义务的，受理案件的法院应根据情况向最高人民法院报请对该公司作为被告或被执行人的案件中止审理、中止执行。
笔者认为，通常，限制积极行使权利的债权人实现债权以保护休眠于权利上之债权人的利益是不公平的，但是对于已经发生破产原因的清算中公司而言，这种做法具有合理性和正当性，体现了公司主体退出法律制度的多元化价值。
当公司在清算程序中发现财产不足清偿全部债务的事实时，即已符合进行破产清算的实质条件，只是缺少启动破产程序的申请。在破产程序启动前，对债务人公司的债权债务处理的措施应体现公平统一清偿的原则。否则，少数债权人的个别清偿将使公司财产被执行完毕，其他债权人再申请破产也会失去意义。尤其是在做出进入特别清算程序的裁判后，如不限制对特别清算期间内的债务人的诉讼和执行，特别清算将难以进行。公司法第一百八十八条的规定正是体现了这种立法精神。
对清算中发生破产原因的公司中止审理、中止执行，虽然没有明确的法律依据，但在目前立法滞后，不能发挥有效调整作用时，基于社会利益以及公平价值的考虑，将其作为一项针对特殊主体的司法政策，在一定范围内谨慎适用，可以发挥其对社会的积极意义和作用。
在适用中止审理、中止执行的措施时，应考虑公司的债权人是否众多、个别清偿的诉讼和执行是否会导致多数债权人（尤其是个人债权人）利益受到重大损失而形成社会不安定因素、债务人是否为具有公益事业性质的公司、执行是否会引起债务人关联公司资产负债情况恶化等因素；同时要经过向最高人民法院逐级报请的严格程序。
（三）借助简易协商解决途径
公司法司法解释二第十七条规定了对清算中发生破产原因公司的简易协商债务解决途径。根据此条规定，人民法院指定的清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单时，发现公司财产不足清偿债务的，可以与债权人协商制作有关债务清偿方案。债务清偿方案经全体债权人确认且不损害其他利害关系人利益的，人民法院可依清算组的申请裁定予以认可。
但是，债权人对债务清偿方案不予确认或者人民法院不予认可的，清算组应当依法向人民法院申请宣告破产。
三、清算中的公司（清算组）申请破产后的处理
在公司清算中，清算义务人提出破产申请时，人民法院对此类破产申请的处理，因是否经过公司清算以及采取何种方式进行清算的不同而不同。
（一）对破产申请文件的特殊要求
虽然破产法没有对此作出特别规定，但由于清算组已经进行了一定的公司财产清理工作，所以应在申请破产时提交更为详实的申请文件，不仅限于破产法第八条的规定，尤其是在特别清算中，清算组的工作是在法院的司法监督下进行的，其提供的清算情况说明具有更高的证明效力。其目的在于，便于法院对是否受理破产申请以及是否宣告公司破产进行充分的审查。
（二）对清算组已经完成部分的清算工作的认定
破产法对如何认定清算组已经完成部分清算工作未作规定。笔者认为，破产清算工作由管理人实施，由债权人会议确认，人民法院作合法性审查。据此，无需特别设置确认清算组工作的程序。清算组完成的工作内容，由管理人进行初步审查。管理人确认清算组工作而编制债权表的，经债权人会议核查，债权人对所记载债权有异议的，可以依法提起债权异议诉讼。管理人确认清算组工作而制作财产状况报告的，应经债权人会议核查。债权人可以通过行使撤销权、抵消权、别除权、取回权以及主张行为无效等诉讼方式提出异议。人民法院对无异议的部分作合法性审查和确认，对有异议的部分依据生效判决予以确认。