自最高人民法院《关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定(二)》实施以来，作为公司清算(指普通而非破产类，下同)案件的诉讼费收取标准上产生分歧，一般认为，此类案件应以财产性案件交纳案件受理费较为妥当。然而对收费标准又有主要有以下几种意见：一、应当按照提起诉讼的股东在公司中所占的出资额作为收费标准;二、应按照公司注册资本金的总额作为收费标准;三、应按照公司总资产额作为收费标准同时比照破产案件的收费标准进行收费。
专业人士认为，以上意见都不尽完善：公司清算是对整个公司的资产状况进行清算，若按提起诉讼的股东在公司中所占的出资额的比例作为收费标准，无疑是与《诉讼费用缴纳办法》的精神不符合;如果经清算的公司的总资产大于注册资本金，按注册资本金的总额作为收费标准与人民法院为此所付出的人力、物力严重不符合，而如果经清算的公司的总资产大于注册资本金，则情况将反过来，对当事人是非常不公平的;此外，公司清算并不等于破产清算。公司清算并不一定会导致破产清算，在公司清算过程中若发现资不抵债，才演变成破产清算，因此，按第三种意见来也不完全合理。
目前，在没有明确法律规定的情况下，对此类案件的处理没有统一的计费标准，各地的作法也不尽相同。因此，专业人士建议应尽早出台相关司法解释，明确公司清算诉讼费的问题，维护法的权威性。