十年来，中国内地公司并购工作取得了举世瞩目的成就。但与美国和中国香港公司并购实践比较，存在很大差距。中国内地公司并购方面存在的主要问题是：
1、缺乏一部综合调控公司并购活动的法律或法规
中国内地公司并购立法与收购实践比较尚嫌落后。有关公司并购的法律规定散见于民法通则、合同法、行政许可法、证券法、金融法及上市公司收购管理办法、上市公司收购报告书、要约收购报告书、被收购公司董事会报告书、豁免要约收购申请文件、外国投资者并购境内公司暂行规定、关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知、关于外国投资者并购境内公司股权有关税收问题的通知等法律、法规、规章、规范性文件。
这些法律、法规、规章与规范性文件对中国内地公司并购的规范较分散，协调性差，甚至存在自相矛盾和法律冲突的地方。如对上市公司股票回购，有关收购A股、B股、H股之间，国家股、法人股和个人股之间的价格换算与利益区分方面的规定不尽一致和详细；对股东特别是中小股东的权利保护方面也存在矛盾与冲突。例如证券法规定，强制要约是指并购公司持有目标公司的股票达到一定比例时，必须对目标公司全体股东发出收购要约。一般而言，并购公司控制了30％的股票以后，就已取得目标公司实际控制权。但《上市公司收购管理办法》一方面确定中、小股东享有与大股东平等的机会，另一方面又没有针对中、小股东权利规定具体、可操作性强的保护措施。只是让这种理论上的机会能否实现取决于并购公司的意志与并购实践，致使广大中小股东的权利难以实现。
2．对反收购制度缺乏明文规定
虽然中国内地公司并购以协议收购为主，反收购的案例极少。但从公司并购实践来看，并不是所有的公司并购活动都成功，都取得了不俗的回报。有些上市公司在收购后的经营业绩处于下滑趋势，社会效益及经济效益均不显著。我国除《公司法》第149条不显山不露水地规定了股份回购这一反收购措施外，对其它反收购手段如中止协议、“白衣骑士”、“反噬防御”的规定尚属空白。
3．公司并购的行政审批与执法部门不统一
中国内地公司并购的审批与执法活动涉及中国证监会及各大区和动城市证券办公室与中央政府、地方政府的经贸、工商、立地、税收、银行、环保、知识产权、海关、法院、公安、检察、公证、国资、仲裁请部门，致使政府对公司并购实践的国家干预不统一。主要表现在：
（1）对公司并购的行政审批立法不统一；
（2）公司并购批准的权限职责与程序不统一；
（3）公司并购案件的仲裁、诉讼（包括不服行政审批机关、复议机关决定而提出的行政诉讼）与行政处罚尺度不统一；
4．中介机构作用未能充分发挥
中国内地、美国、中国香港公司并购实践表明，中介机构如投资银行、律师事务所、审计师事务所、会计师事务所、产权交易所（中心）在公司并购活动中的策划、介绍融资、咨询、草拟协议、公证、释法、审查、调查、资产评估、出具法律意见书及财务顾问意见书方面起着举足轻重的作用。由于诸种因素，中介机构的作用在中国内地公司并购市场未能充分体现出来。